Кунгей Алатау входит в горную систему Северного Тянь-Шаня вместе с Заилийским и Джунгарским Алатау. Название происходит от слов «кунгей» — обращенный к южной стороне (а в некоторых источниках — солнечный) и «алатау» — пестрые горы. Вероятно, это связано с тем, что эти горы и правда более «солнечные». Кунгей и Заилийский Алатау расположены параллельно друг другу и соединены Чилико-Кеминской перемычкой. Названа она так в честь рек, которые начинаются с ледников Чилико-Кеминского горного узла, но текут в разные стороны -Чилик на восток и Чон-Кемин на запад. Сам горный хребет вытянулся на 275 км с запада (ущелье Боом) на восток (долина реки Каркара), а ширина — примерно 30 км. Горная цепь является естественной границей между Казахстаном и Кыргызстаном.
Высшая точка Кунгей Алатау — это гора Чок-Тал высотой 4771 м., что территориально находится в Кыргызстане. А самый крупный ледник — Жангырык — расположен в казахстанской части горной системы.